Делокруг рада Покрајинског секретаријата за здравство утврђен је одредбама члана 35. Покрајинске скупштинске одлуке о покрајинској управи (“Службени лист АПВ“, бр. 37/2014, 54/2014 – др. одлука и 37/16).
Покрајински секретаријат за здравство, у складу са законом и Статутом, обавља послове покрајинске управе у области здравства, који се односе на припрему аката за Скупштину или Покрајинску владу којима се: уређују питања од покрајинског значаја у здравству и здравственом осигурању и унапређују заштита здравља, здравствена и фармацеутска служба на територији АП Војводине; утврђују мере за обезбеђивање и спровођење здравствене заштите од интереса заграђане на територији АП Војводине, као и мере за обезбеђивање и спровођење делатности у области јавног здравља од интереса за грађане АП Војводине; доносе посебни програми здравствене заштите за поједине категорије становништва, односно врсте болести које су специфичне за АП Војводину, а за које није донет посебан програм здравствене заштите на републичком нивоу; доноси посебан програм из области јавног здравља за територију АП Војводине; оснивају здравствене установе (опште болнице, специјалне болнице, клинике, институти, клинички центар,завод односно институт за јавно здравље, завод за трансфузију крви и завод за антирабичну заштиту) и врше оснивачка права над њима; предлаже план мреже здравствених установа за територију АП Војводине; даје мишљење о укидању, спајању и подели здравствених установа чији је оснивач АП Војводина; утврђују недељни распоред рада, почетак и завршетак радног времена у здравственој установи чији је оснивач; утврђују недељни распоред рада, почетак и завршетак радног времена здравствених установа и приватне праксе на територији АП Војводине за време епидемије и отклањања последица проузрокованих елементарним и другим већим непогодама и ванредним приликама на територији АП Војводине; утврђује минимум процеса рада за време штрајка здравствених установа на територији АП Војводине; оснива Здравствени савет Војводине и Етички одбор Војводине;предлаже директор Покрајинског завода за здравствено осигурање и доносе мере за обезбеђивање и спровођење делатности у области јавног здравља од интереса за грађане АП Војводине.
Покрајински секретаријат за здравство обавља извршне, стручне и развојне послове покрајинске управе, врши надзор и прати спровођење прописа из става 1. овог члана. У области свог делокруга, прати и помаже рад здравствених установа чији су оснивачи органи АП Војводине.
Покрајински секретаријат за здравство даје предлог министру надлежном за послове здравља за утврђивање броја приправника у здравственим установама са седиштем на територији АП Војводине, које су здравствене установе дужне да приме за обављање приправничког стажа на годишњем нивоу; даје предлог министру надлежном за послове здравља за план развоја кадра у здравству за установе које се налазе на територији АП Војводине; даје предлог министру надлежном за послове здравља за утврђивање референтних здравствених установа за поједине области здравствене делатности на територији АП Војводине; даје мишљење на предлог за добијање назива примаријус за докторе медицине, докторе стоматологије и дипломиране фармацеуте с територије АП Војводине.
Покрајински секретаријат за здравство сарађује с хуманитарним и стручним организацијама, савезима и удружењима у области здравства, формира базе података из области здравства, прати рад здравствене службе на територији АП Војводине.
Покрајински секретаријат за здравство у области санитарног надзора, у складу са законом, обавља поверене послове државне управе, који су законом поверени органима АП Војводине. Доноси решење о одређивању зона санитарне заштите изворишта на територији АП Војводине.
Покрајински секретаријат за здравство обавља и друге послове када му је то законом, покрајинском скупштинском одлуком или другим прописом поверено.